Saison 5 — Le pacte des Yokaï

Natsume continue de passer ses journées à redonner aux youkai leurs noms du Livre des Amis. Un jour, alors qu'il rentre chez lui, il se retrouve poursuivi par une marmite géante qui roule. Le youkai dans le pot insiste sur le fait que sa grand-mère Reiko lui a volé une poupée. Cependant, lorsqu'elle menace de faire du mal à sa famille, il est obligé de sortir et de le trouver. Mais sa gentille et souriante grand-mère Reiko volerait-elle vraiment une poupée à quelqu’un ?

Un jour de pluie, Natsume rencontre une jeune fille youkai. Son nom n'est pas dans le Livre des Amis, mais elle veut quand même son aide : elle veut qu'il trouve un homme qu'elle a rencontré une fois. L'homme ne pouvait pas voir les youkai normalement, mais un mauvais coup de la météo lui a permis de la voir pendant une seule journée. Pendant les cinquante années suivantes, elle lui rendit visite, espérant qu'il la verrait une fois de plus, mais il ne l'a jamais fait. Aujourd'hui, il a disparu. Natsume peut-il le trouver pour elle ?

Natsume trouve une lettre qui lui est adressée de Matoba. En se promenant dans la forêt, il le perd lorsqu’un exorciste amateur enferme un yokai dans un pot. Remarquant la faiblesse du sceau, Natsume et Nyanko-sensei l'emmènent au condo de Natori pour le refermer. Lorsque Natsume rentre chez lui, il voit Matoba et apprend que la lettre était une demande pour que Natsume assiste à une réunion d’exorcistes puissants pour éliminer la personne qui a ciblé les exorcistes.

Matoba emmène Natsume dans l’une des villas du clan Matoba pour assister à la réunion des exorcistes. Natsume apprend qu’un yokai masqué appelé « Magatsumen » contrôle les gens et se déguise en shiki afin de tester les participants s’ils ont été possédés. En suivant un étrange bruit printanier, Natsume trouve le coupable derrière les possessions de masques et chasse les yokai. Matoba tire sur le yokai avec une flèche pour l’exorciser.

Natsume voit une écriture étrange sur le tableau noir de la salle de classe des sciences de la Terre. Taki parle à Natsume du yokai poilu qu’elle a aidé à quitter sa maison. Natsume se rend chez Taki et apprend que trois yokai y ont été piégés - deux yokai « lapins » et un blanc poilu. Le yokai poilu est enchanté par Taki et aide à trouver le yokai lapin dans la maison de Taki. Natsume apprend que le yokai poilu était celui qui a écrit sur le tableau noir de l'école et retourne lire les sentiments du yokai dessus.

Natsume est poursuivi par deux yokai qui lui jettent un sort de scellement de voix. Un grand oiseau yokai le sauve et l’emmène dans une vallée avant que Nyanko-sensei ne le trouve. Natsume retrouve sa voix après que le groupe de yokai l'ait attaqué dans sa chambre, puis rend le nom du yokai oiseau.

Tanuma invite ses amis dans une auberge tenue par ses proches. Alors qu’il balaye à l’extérieur, Tanuma est accueilli par une vieille femme nommée Ito-san. Natsume apprend qu’Ito-san est un yokai qui sert le sanctuaire Mizunagi en protégeant le festival de la montagne. Ito-san est entré dans l'auberge parce qu'un autre yokai a volé le masque blanc du festival et s'est déguisé en invité de l'auberge. Natsume trouve le yokai qui a volé le masque pour le pouvoir du festival, et Ito-san l'exorcise. Ito-san avertit Natsume de garder son identité secrète jusqu’à la fin du festival afin qu’elle puisse terminer le festival. Natsume dit qu’il ne dira à personne qu’elle est un yokai afin qu’elle puisse rester dans cette ville le plus longtemps possible.

Un épisode décrivant l’histoire de Natori Shuuichi et Matoba Seiji lorsqu’ils étaient jeunes. Cet épisode montre la famille de Natori et son enfance où il a pu voir des youkai, être détesté par sa famille et devenir exorciste.

L’épisode commence avec Natsume poursuivi par un youkai poilu. Il tombe sur un minuscule champignon youkai qui lui parle d’un noble youkai nommé Shuon qui était en voyage. Natsume aide le petit youkai à se préparer à sa rencontre avec le noble youkai. Lorsqu’ils se rencontrent, cependant, le noble youkai avertit le youkai champignon que le chemin qu’il emprunte est étroit et demande au petit youkai de rentrer chez lui. Mais ensuite, le petit youkai se rend compte qu’il doit devenir digne pour pouvoir le suivre. Un autre youkai, qui semble être l’un des nobles disciples des youkai, apparaît et donne un livre au youkai champignon et lui dit de terminer la formation pour rejoindre Shoun-sama.

L’histoire de pourquoi Touko et Shigeru ont adopté Natsume.

Les rangs intermédiaires montrent des fleurs de Natsume au sommet d’une colline. Natsume attrape plus tard un rhume et les rangs intermédiaires vont lui chercher des médicaments, faisant des corvées difficiles pour les yokai avec le médicament. Au milieu des rêves fiévreux de Natsume se trouvent le souvenir du moment où il est tombé malade lorsqu'il était enfant et qu'il parle brièvement à Reiko. Avec le médicament en main, les rangs intermédiaires le lui donnent et sa fièvre baisse. Ils apprennent plus tard que le médicament ne fonctionne pas sur les humains et sont découragés car ils ont perdu leur temps, mais sourient lorsque Natsume les remercie pour leurs efforts.