Saison 3 — South Park

Les enfants rendent gai, une chorale écologiste, rend visite à l'école de South Park.

De nombreux cas de « combustion spontanée » sont signalés à South Park. Randy est chargé de trouver l'origine de cette épidémie.

Les enfants sont malheureux : Chef ne travaille plus à la cantine. Sa nouvelle petite amie est une femme étrange qui cache un terrible secret...

Cartman découvre un Jakovasaure femelle, puis un mâle.

Les enfants essaient de déclencher une bagarre entre Tweek et Craig afin de déterminer qui est le plus turbulent des deux.

Un homme déguisé en panda, venu dans la classe de Stan et de ses amis expliquer le principe du harcèlement sexuel et encourager sa dénonciation, déclenche une folie des procès à South Park. En effet, voyant que chaque victoire à un tel procès rapporte énormément, de plus en plus d'habitants s'y intéressent

Mme Cartman va à la fête donnée chez M. Mackey et laisse son fils sous la garde de Shelley Marsh.

Après avoir laissé Shelley chez Cartman, la famille Marsh se rend chez M. Mackey, et Stan est relégué à la cave avec d'autres enfants pas très fréquentables à son goût. Pendant ce temps, l'ATF encercle la maison pensant que les fêtards sont des illuminés attendant la pluie d'étoiles pour commettre un suicide collectif.

Juste avant d'aller à la fête chez M. Mackey, les Broflovski emmènent Kyle, Ike et Kenny au Jubilé. Ike et Kenny ont du mal à se faire accepter tandis qu'un ours rôde autour du camp. Pendant ce temps, le chef d'une synagogue antisémite semble avoir de sombres projets...

À l'approche d'Halloween, la population de South Park est en effervescence, sauf le père Maxi qui considère cette fête comme une vénération de Satan. Les enfants se font embêter par les CM2, alors ils décident à leur tour de leur faire peur avec le cadavre de la grand-mère de Kyle.

Les enfants sont pris dans la folie Chinpokomon, qui est en fait une conspiration anti-américaine fomentée par des Japonais nostalgiques de Pearl Harbor.

Un concours d'orthographe a lieu à South Park. Deux enfants qui sont scolarisés à domicile remportent haut la main le trophée alors que Cartman avait une arme secrète : les comptines du singe batteur. En ayant assez d'être ridiculisé à l'école, il décide de se scolariser à domicile à son tour.

Pascal la Dalle trouve un vaisseau Marklor abandonné. Il va ainsi chercher où reloger son village pour qu'ils échappent aux missionnaires chrétiens. Avec l'aide de Stan, Kyle, Cartman et Kenny il va tenter de rejoindre la planète Marklor pour y vivre, mais le gouvernement aidé par la CIA compte bien les en empêcher.

Comme chaque année, a lieu la reconstitution de la bataille du mont Tamarack pendant la Guerre de Sécession. Marvin Marsh, grand-père de Stan, dirige celle-ci. Cartman décide de se déguiser en général Lee (sudiste) pour se différencier de ses trois copains habillés eux en nordistes. De plus il promet que le Sud va gagner cette année. La reconstitution est sponsorisée par une marque de schnaps à la prune.

M. Hankey présente ses meilleurs vœux sous forme de showcase musical où tout le monde participe.

À l'aube de l'an 2000, South Park est en effervescence : Jésus va probablement faire venir Dieu sur Terre lors d'une grande fête qu'il organise. Pendant ce temps, les enfants attrapent une maladie qui provoque des saignements anaux, ce qu'ils prennent pour l'arrivée de leurs menstruations.

Un énorme concert de flûtes à bec dirigé par Yoko Ono et réunissant les enfants de tous les États-Unis doit se dérouler à Oklahoma City, et les enfants de South Park doivent y participer. Pendant la dernière répétition avant le départ, M. Mackey annonce que le concert est déplacé dans l'Arkansas, ce qui bouleverse M. Garrison. De son côté, Cartman essaye de trouver le bruit marron, un étrange son qui aurait pour effet de provoquer un relâchement des sphincters de celui qui le perçoit...